Men vi sinh được chỉ định dùng sau khi sự cân bằng trong hệ tạp khuẩn bị đảo lộn dẫn đến rối loạn tạp khuẩn (thường gặp ở người bệnh vừa điều trị kháng sinh), biểu hiện ở việc đi ngoài phân sống, tiêu chảy, khó tiêu, trướng bụng... Việc bổ sung các men vi sinh nhằm nâng cao sức đề kháng cho đường ruột là cần thiết. 

Men tiêu hóa là men (enzym) do chính các tuyến trong cơ thể tiết ra để tiêu hóa và hấp thu thức ăn. Men tiêu hóa được bác sĩ chỉ định khi nghi ngờ hoặc có bằng chứng là bị thiếu men tiêu hóa, như: Người bị ngộ độc thực phẩm, dùng bia rượu kéo dài, dùng thuốc (nhất là kháng sinh), stress... làm cho việc tiết các men này bị hạn chế, khiến thức ăn không được tiêu hóa tốt, dẫn đến chứng đầy bụng, khó tiêu, tiêu chảy...

Cũng có khi dùng men tiêu hóa để tăng cường khả năng tiêu hóa thức ăn trong một khoảng thời gian nhất định nào đó. Tuy nhiên, nếu lạm dụng và dùng kéo dài sẽ gây tác dụng ngược, do lượng men tiêu hóa được cung cấp nhiều từ bên ngoài trong thời gian dài sẽ ức chế các tuyến tiết ra men tiêu hóa nội sinh trong cơ thể. Một số thức ăn chứa men tiêu hóa tự nhiên như giá đỗ, sữa chua thì có thể dùng lâu dài.

Trong thực tế, men vi sinh và men tiêu hóa có sự hỗ trợ trong điều trị tiêu hóa. Tuy nhiên cũng có trường hợp bác sĩ dùng cả hai thứ men này một lúc nếu thấy người bệnh thiếu cả hai. Việc dùng hai chế phẩm này phải được sự chỉ định và hướng dẫn của thầy thuốc, không được dùng tùy tiện sẽ có những tác dụng bất lợi cho cơ thể.